In der ältesten Kirche, die Archangelsk erhalten geblieben ist, wurden zwei Jahrhunderte lang Gottesdienste abgehalten. Vollendet wurde der Kirchenbau 1747. Im gleichen Jahr wurde der Nebenaltar dem Erzengel Michael geweiht. Später, 1764, wurde die obere Dreifaltigkeits-Kirche geweiht.

Die Kirchengemeinde bestand aus Angehörigen des Militärs und ihren Familien. In der Zeit der Sowjetmacht traf dieses Kirchengebäude das gleiche Schicksal wie andere russische Kirchen. Ihre Kuppel und der obere Teil des Glockenturms gingen verloren, Inneneinrichtung und Kirchenschätze wurden konfisziert. 1930 wurde das Gotteshaus zu einem Wohnheim umgebaut, danach zu einer Seifensiederei, zu einer Schuhfabrik und zu einer Steinschleiferei.

Mit der Übergabe an die Archangelsker Diözese begann 1992 die Rekonstruktion der Dreifaltigkeits-Kirche. Regelmäßige Gottesdienste finden seit 1994 wieder statt. Heute sieht die Kirche genauso aus wie am Ende des 19. Jahrhunderts. Nikolaj Rodimow, letzter Kirchenvorsteher und Oberpriester der Dreifaltigkeits-Kirche vor ihrer Enteignung durch die Sowjetmacht, wurde von der Russisch-Orthodoxen Kirche heiliggesprochen.